不明真相的雷恩，海南不仅置身于利益纷争的国际政治阴谋之中，更陷入敌友难辨的两难之境。

两年后艾伦和阿明加入调查兵团，空管并且即将随同战友出发修复外墙，夺回沦陷的土地。霎时间宁静祥和的城市变成了巨人的狩猎场，分局艾伦等人目击了永生难忘的血腥一幕。

少年艾伦（三浦春马饰）厌倦了被囚禁起来的日子，技术某天他怂恿伙伴三笠·阿克曼（水原希子饰）和阿明·阿诺德（本乡奏多饰）试图翻出围墙，技术谁知却见证了超大型巨人打破围墙以及无数巨人疯狂涌入的可怕一幕。不知曾几何时，保障部终备室世界各地出现了专门捕杀人类的巨人，可怕天敌的出现最终导致人类的文明衰落与倒推当艾伦面临被处决的厄运之时，端设铠甲巨人突然闯入将其掳走。

关于巨人，完成关于调查团，关于这个世界所有的秘密昭然若揭…。经历了常人难以想象的磨难和考验，台风艾伦·叶卡（三浦春马饰）与阿明·阿诺德（本乡奏多饰）以及其他有着不同背景的年轻人终于成为了合格的调查兵团成员。

为了拯救好友，前检艾伦丧身巨人之口，前检谁知在巨人的腹中，他体内的神秘基因觉醒化身为巨人的艾伦狂怒暴走，以压倒性的实力击败了一波又一波的巨人。

恶战过后，查工艾伦恢复原形，他的突变也引起政府的高度关注。超人能否战胜心魔，海南再一次挽救地球于水火？。

更令他心碎的是，空管她已经与主编的侄子订婚，而且是一个5岁孩子的母亲了。另一边，分局他的死对头莱克斯（KevinSpacey饰）利用卑鄙手段骗取了巨额遗产，企图卷土重来。

5年后，技术超人回到了地球，但是周遭的一切已经改变。在南极莱克斯找到了超人父亲的线索，保障部终备室以及一块含有超级能量的水晶，妄想借助水晶的力量控制地球。